Référence

2024-11473  

Date de début de diffusion

01/02/2024

Date de parution

17/04/2024

Description du poste

Métier

Bio info / biostat - Ingénieur de recherche confirmé (Bio info / biostat)

Intitulé du poste

Ingénieur Bioinformatique – Institut Pasteur Madagascar H/F

Missions/Activités

L'Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est un établissement scientifique privé à but non lucratif et reconnu d'utilité publique qui a pour mission de contribuer à la prévention et au traitement des maladies par des activités de recherche, de formation et de santé publique. A ce titre, l'Institut abrite plusieurs centres ou laboratoires nationaux de référence reconnus pour leurs compétences en matière de diagnostic et de surveillance pour des maladies infectieuses d'intérêt local et régional (arboviroses, grippe, rage, poliomyélite, peste, tuberculose …).

Afin de développer ses activités en génomique, l'unité de virologie cherche à recruter un(e) ingénieur(e) de recherche en bioinformatique. Cette offre d'emploi vise à accroître la capacité de l'unité à mieux suivre les virus endémiques et à répondre aux futures épidémies virales. Les données génomiques étant générées à un rythme sans précédent, l'unité doit développer des outils informatiques permettant le suivi des pathogènes et de leur évolution ainsi que la caractérisation de nouveaux pathogènes/variants.

Votre mission principale sera de développer et de maintenir des outils informatiques capables :
- d'identifier les agents pathogènes à partir de données de séquençage à haut débit ciblées et non ciblées, provenant des technologies Illumina et Oxford Nanopore,
- de suivre leur évolution (phylogénétique) et de surveiller l'émergence de mutations d'intérêt et d'événements évolutifs spécifiques.
Vous devrez assurer le traitement des données générées en lien avec les biologistes de l'unité. Vous effectuer une veille de la littérature scientifique et évaluer les outils publiés afin d'identifier et améliorer, si nécessaire, les outils bioinformatiques pour aider à automatiser les workflows sur diverses tâches d'analyse de routine.
Vous assurer la formation d'autres membres de l'unité et de l'institut à l'utilisation des outils de bio-informatique développés.
Enfin, vous participez à la rédaction des articles scientifiques et à des conférences.

Profil

Titulaire d'un doctorat ou d'un diplôme équivalent dans le domaine de la bioinformatique, biologie computationnelle, vous avez a minima 3 ans d'expérience professionnelle dans un poste similaire.
Vous devez avoir une bonne connaissance des outils bioinformatiques couramment utilisés dans le domaine de la génomique et de l'analyse des données de séquençage de haut débit.
Bonne maîtrise de la construction et de la maintenance de pipelines d'analyse de données, ainsi qu'une connaissance des bonnes pratiques de gestion des données et du logiciel sont indispensables.
Bonne connaissance des méthodes de bioinformatique évolutive est requise. En particulier, l'analyse de séquences, l'alignement et la reconstruction phylogénétique.
Vous devez être familier avec les méthodes bayésiennes (Mr Bayes, BEAST).
Aptitudes personnelles :
- être capable de travailler au sein d'une équipe multidisciplinaire,
- être organisé(e),
- rigoureux(se),
- avoir le sens des responsabilités ainsi qu'une bonne capacité de communication et d'excellentes qualités relationnelles.

Vos conditions et environnement de travail
- Politique de congés très favorable
- Environnement multiculturel
- Engagements RSE forts
- Environnement de travail : Laboratoires de l'IPM dans un parc arboré de 9 ha
- Politique dynamique d'investissements

Type de contrat

Contrat à durée déterminée

Durée du contrat

24

Temps de travail

Temps plein

Travail le we

Non

Critères candidat

Niveau d'années d'expérience souhaitée

3 à 5 ans

Niveau d'étude souhaité

Supérieur à Bac + 8

Diplôme souhaité

Bac+8

Filière souhaitée

Informatique, bio-informatique

Certification ou habilitation requise

Aucune

Compétences linguistiques

Anglais (C1 - Maîtrise)

Localisation du poste

Localisation du poste

Réseau International des Instituts Pasteur, Madagascar (Antananarivo)

Demandeur

Poste à pourvoir le

08/04/2024